Le 3 juin 1915, des officiers turcs traînèrent Mgr Maloyan devant le tribunal avec 27 membres de la communauté. Là, Mamdouh Bey, chef de la gendarmerie, demanda à l'évêque de lui remettre les armes cachés chez lui. Le prélat lui répondit qu'il fut toujours un citoyen fidèle au gouvernement et que le Sultan, en guise de mérite, lui avait décerné une haute distinction honorifique. Mamdouh Bey lui proposa alors d'embrasser l'Islam pour avoir la vie sauve. Le prélat lui répondit avec véhémence qu'il n'allait jamais renier Jésus ni trahir l'Église et que c'était un bonheur pour lui de subir pour le Christ tous les sévices, même la mort. Alors, un des soldats le gifla brutalement. Mamdouh Bey, lui asséna des coups violents à la tête avec la crosse de son revolver. À chaque coup, il disait: «Seigneur, prends pitié, Seigneur fortifie-moi». Croyant sa mort imminente, il cria d'une voix forte: «Qui d'entre vous, mes chers Pères, m'entend, qu'il me donne l'absolution». Après cela, les soldats lui arrachèrent les ongles des orteils et le forcèrent à marcher.

À Chikhane, Mamdouh Bey lut à haute voix la sentence suivante: «L'État vous a accordé beaucoup de bienfaits...; en retour, vous avez trahi le pays. C'est pourquoi vous êtes condamnés à mort. Cependant, si quelqu'un devient musulman il sera libéré et rentrera à Mardine. Sinon, la sentence sera exécutée. Soyez prêts à exprimer votre dernière volonté».

Mgr Maloyan, au nom de tous, répondit: «Nous n'avons jamais été infidèles à l'État... mais si vous voulez nous demander d'être infidèles à notre religion, cela jamais, au grand jamais». Et tous les présents répondirent: «Cela jamais». «Nous mourrons, ajouta Maloyan, mais nous mourrons pour le Christ». Un fidèle s'approcha des soldats et leur lança: «Tuez-moi, et vous allez voir comment meurt un Chrétien pour sa foi».

Le Confesseur inébranlable se mit à genoux, tous firent de même. Il pria le Seigneur de leur accorder la force et le courage pour être dignes de la palme du martyre. Les prêtres accordèrent à tous l'absolution. Ce qui provoqua l'étonnement des soldats turcs ce fut la paix et le bonheur qui jaillissaient de leurs visages. Ils étaient heureux de mourir pour le Christ.

Mamdouh s'approcha de Mgr Maloyan et, pour une dernière fois, lui proposa l'Islam. Celui-ci lui répondit: «Ta demande m'étonne. Je t'avais dit précédemment que je vis et meurs pour ma véritable foi. Je me glorifie en la Croix de mon Seigneur et Dieu». Mamdouh furieux dégaîna son revolver et fit feu. La balle lui traversa la nuque. Il tomba par terre et, avant de rendre l'âme, il s'exclama: «Seigneur, prends pitié de moi, entre tes mains je remets mon esprit».